Vologda sijaitsee samannimisen joen oikealla rannalla, joka on ikivanha vesiväylä, joka yhdisti tämän kaupungin Sukhona- ja Sheksna -jokien altaiden kautta Arkangeliin.
Ensimmäistä kertaa historiallisissa lähteissä kaupunki mainittiin XII vuosisadalla. 1500 -luvulla Vologdaa hallitsi Veliki Novgorod. Vuodesta 1462 lähtien Vologda oli kaksikymmentä vuotta apanageriruhtinaskunnan keskus, mutta vuodesta 1481 se kuului Moskovan ruhtinaskunnan, jonka hallitsija oli silloin Ivan III, alaisuuteen.
Vuonna 1565 Ivan Kauhea päätti perustaa toisen oprichnina -asuntonsa Vologdassa. Hän halusi rakentaa tänne kivisen Kremlin ja linnoituksen. Tuhannet käsityöläiset ja talonpojat ajettiin Vologdaan, ja rakennusta johti englantilainen insinööri H. Locke. Suunnitelmassa Kreml oli suorakulmio. Pohjoisella puolella sitä suojeli Vologda -joki, ja molemmin puolin kaivettiin vallihauta, jossa oli vettä. Mutta Krimin kaanin hyökkäys vuonna 1571 ja Vologdassa alkanut rutto pakottivat Ivan IV: n palaamaan Moskovaan. Kuninkaan lähtiessä rakentaminen lakkasi.
Koska vakavia linnoituksia ei ollut, Vologda kärsi suuresti Puolan ja Liettuan armeijan hyökkäyksestä vuonna 1612. Mutta kaupunki rakennettiin nopeasti uudelleen ja ylitti jopa entisen kokonsa. 1600 -luvun loppuun mennessä Vologdan historiallinen keskusta koostui neljästä osasta: kaupunki, Verkhniy Posad, Nizhniy Posad ja Zarechye. Kuitenkin 1700 -luvun alussa Vologdan taloudellinen asema heikkeni jonkin verran Pietarin perustamisen ja Itämeren kaupan kehityksen vuoksi.
Vuonna 1708 Vologda liitettiin Arkangelin alueeseen. Mutta jo vuonna 1719 kaupungista tuli Vologdan maakunnan keskus ja vuonna 1796 - Vologdan maakunnan keskus, joka oli olemassa vuoteen 1929 asti.
1800 -luvulla kaupungista tuli poliittisen maanpakolaisuuden paikka monille älymystön jäsenille. Vuonna 1918 Vologda toimi Venäjän "diplomaattisen pääkaupungin" roolissa viisi kuukautta. Brestin rauhansopimuksen solmimisen jälkeen 11 suurvaltion suurlähetystöt ja lähetystöt muuttivat tilapäisesti tänne, erityisesti: Yhdysvallat, Iso -Britannia, Ranska, Japani, Kiina, Brasilia jne.
Nyt Vologda on suosittu matkailukeskus, jossa vierailevat sekä venäläiset että ulkomaiset turistit.
