Tadžikistanin joet ovat virtaavia ja kuuluvat pääasiassa Aralinmeren altaaseen. Ja vain harvat virtaavat Karakul -järven tai Tarima -joen veteen.
Amu Darya -joki
Amu Daryan kanava kulkee neljän maan - Afganistanin, Tadžikistanin, Uzbekistanin ja Turkmenistanin - alueen kautta. Kanavan kokonaispituus on 2400 kilometriä. Näistä 1415 kilometriä kulkee maan läpi. Amu Daryan lähde muodostuu kahden joen - Vakhsh ja Pyanj - yhtymäkohdasta. Joen suu on Aralinmeren vesi (yhtymäkohdassa se muodostaa suuren suiston).
Jokea lähellä on vähän sivujoita. Amu Darya saa keskimäärin Kafirniganin, Surkhandaryan ja Sherebadin vedet sekä yhden vasemman sivujoen - Kunduz -joen. Ja edelleen, yhtymäkohtaan asti, ei ole enää sivujokia. Joen vesiä käytetään aktiivisesti, ja siksi Amu Darya ei saavuta Aral -merta. Juuri tästä tuli yksi syy sen kuivumiseen.
Amu Daryan vesillä on melko vähän erilaisia kalalajeja: asp; kalju mies; aral monni; lahna; sabrefish; hopea karppi; Valkoinen amuri; vihata.
Vanj -joki
Yksi jokista, jonka kanava sijaitsee yksinomaan Tadžikistanin alueella. Se on Pyanj -joen oikea sivujoki. Joen kokonaispituus on 103 kilometriä. Lähde muodostuu kahden joen yhtymäkohdasta - toinen laskeutuu Vanchin harjanteen jäätiköistä ja toinen tiedeakatemian harjanteelta (läntinen rinne). Kanava kulkee Vanchin ja Darvazin harjanteiden välillä.
Kashkadarya -joki
Alueellisesti joenpohja kulkee Tadžikistanin (Sughdin alue) ja Uzbekistanin (Kashkadaryan alue) alueiden läpi. Perinteisesti joella on kolme nimeä: yläjuoksulla - Obikhunda; keskitie - Shinachasai; alempi - Maimanakadarya.
Kanavan kokonaispituus on 378 kilometriä. Joen lähde on 2960 metrin korkeudessa merenpinnan yläpuolella, ja sen muodostavat kaksi nimeämätöntä jokea. Tärkeimmät sivujoet: Akdarya (Aksu); Tanhidizadarya; Guzardarya.
Muksu -joki
Kanavan kokonaispituus on 88 kilometriä. Muksu sijaitsee Tadžikistanin Jirgatalin alueella. Lähde on kahden joen yhtymäkohta: Seldara ja Sauksoy (Fedchenko ja Bolshoi Saukdar -jäätiköt).
Kuzylsu -joki
Kyzylsu, joka tarkoittaa "punaista jokea", virtaa Kirgisian ja Tadžikistanin alueen läpi. Lähde on Trans-Alai -alueen rinteet. Kanavan kokonaispituus on 235 kilometriä. Muksu -joen yhtymäkohdassa se synnyttää Vakhsh -joen.
Vakhsh -joki
Joen kokonaispituus on 786 kilometriä, ja ne kaikki kulkevat Tadžikistanin alueen läpi. Joen lähde on Pamirin rinteillä, mutta paikka, jossa se yhtyy Pyanj -joen vesiin, synnyttää suuren Amu Daryan. Joki on kastelun ja sähköntuotannon tärkein lähde.
