Vuonna 1663 tsaari Aleksei Mihailovitšin määräyksellä aloitettiin linnoituksen rakentaminen Volgan ylängölle. Tavoitteena on puolustaa kaakkorajoja. Näin Penzan historia alkaa, kuten monien muiden Keski -Venäjän kaupunkienkin.
Keskiajan aikakausi
Linnoituksen alkuperäinen tehtävä oli suojella tataareja; ympäröivien kylien asukkaat etsivät turvapaikkaa sen luotettavien muurien takaa. Väestö kasvoi, ja idästä saapuneet vieraat alkoivat saapua harvemmin saalistavilla tavoitteilla. Uusi, rauhallisempi vaihe kaupungin elämässä alkoi. Lisäksi se muutti asemaansa, vuonna 1719 muodostettiin Penzan maakunta, ja kaupungista tuli sen keskus.
Vuonna 1780 Penzan historiassa havaittiin seuraavat muutokset, nyt se ei ole maakunnan keskus, vaan Penzan kuvernöörin pääkaupunki. 16 vuoden kuluttua siitä tulee Penzan piirin ja Penzan maakunnan keskus. 1700 -luvun lopulla tämän siirtokunnan kulttuurinen kukoistus alkoi. Vuonna 1796 Penza julistettiin maakuntakaupungiksi.
Ylös- ja alamäkien aikakausi
Lyhyesti sanottuna 1800 -luvun alku Penzan historiassa oli leimallinen. Tämä tapahtui maakunnan lakkauttamisen yhteydessä vuonna 1801, vastaavasti Penzan palauttamisesta läänikaupungin asemaan. Totta, tämä ajanjakso oli täysin lyhytikäinen, maakunta palautettiin, Penza on sen pääkaupunki, ja provinssin pääkaupungin asema säilyi vuoteen 1928 saakka, kunnes Neuvostoliiton hallitus suunnitteli ja toteutti seuraavan hallinnollisen alueellisen uudistuksen.
1800 -luku on vaurauden aikaa paitsi Penzalle, myös koko Venäjälle, teollisuus kehittyy aktiivisesti, rautatie, rautavalimo, paperitehdas ja hippodromi ilmestyvät. Myös kulttuuriala kehittyy - Penzan asukkaat ovat ylpeitä siitä, että heidän kaupunkiinsa ilmestyi ensimmäinen venäläinen sirkus.
Vaurauden aikakausi jatkuu 1900 -luvun alussa, sitten Penza ja koko Venäjä kokevat vallankumouksellisia tapahtumia, poliittisen vallan vaihtumista, sotia, kollektiivistumista ja teollistumista. Kaupungin historia on erottamaton maan historiasta.
