Mongolian joet ovat peräisin korkeilta vuorilta. Useimmat niistä ovat Siperian ja Kaukoidän suurimpien jokien yläjuoksua.
Zheltura -joki
Joen pohja kulkee Burjatian (Venäjä) ja Mongolian alueen läpi. Zheltura on Dzhida -joen oikea sivujoki. Joen lähde on Mongolian maissa. Joen kokonaispituus on 202 kilometriä, ja lähes kaikki niistä kulkevat maan alueen läpi. Venäjällä virtaa vain 18 kilometriä.
Joki vastaanottaa suurimman osan vedestä sateiden aikana. Korkea vesi esiintyy kesällä, kun Mongolia saa paljon sadetta. Joen suulla sijaitsevat Zhelturan ja Tengerekin (Burjaatia) kylät. Joen vesiä käytetään aktiivisesti juomaveden lähteenä.
Menza -joki
Paikalliset asukkaat kutsuvat Minzhiin-Gol-jokea. Maantieteellisesti kanava kulkee Mongolian ja Venäjän kautta, joka on Chikoy -joen vasen sivujoki. Menza saa lähteensä Baga-Khentai-harjulta (Mongolia). Laskeutuessaan vuorilta se kulkee Trans-Baikalin alueen läpi ja palaa jälleen Mongoliasta. Joen kanavan kokonaispituus on 337 kilometriä.
Joki on jäällä marraskuun toisella puoliskolla. Jäänmurto alkaa huhtikuun lopusta. Jäädytyksen kokonaiskesto on 145-180 päivää. Talvella joki jäätyy yli 130 senttimetriä. Joella asuu: lenok, taimen, ahven, burbot, harjus ja monni.
Orkhon -joki
Joenpohja kulkee kokonaan Mongolian alueen läpi ja on 1124 kilometriä pitkä. Orkhon on Mongolian toiseksi pisin joki.
Joen lähde sijaitsee Khangai -vuoristossa. Joen yläjuoksut kulkevat kapeaa kanjonimaista laaksoa pitkin. Orkhonin yläjuoksut muodostavat melko korkean (20 metriä) ja leveän (10 metriä) vesiputouksen. Joen keskiväylä kulkee syvän mutkittelevan laakson läpi ja vasta vuorilta lähtiessään joki laajenee 150 metriin. Orkhon on jäällä marraskuusta huhtikuuhun.
Joenlaaksossa on monia mielenkiintoisia vierailukohteita: Khara -Balgas - ikivanha kaupunki, joka oli uiguurivaltion pääkaupunki; Karakorum on Mongolin valtakunnan pääkaupunki. Lisäksi jokilaaksosta löydettiin useita hunilaisia hautaushautoja.
Egiin-Gol-joki
Joki kulkee Mongolian alueen läpi. Sen kokonaispituus on 475 kilometriä. Joen lähde on Khubsugul -järven vedet. Sitten Egiin-Gol kuljettaa hitaasti vesensä kaukaiselle Selengalle. Noin lokakuusta huhtikuun loppuun asti joki on jään peitossa ja siitä tulee houkutteleva paikka talvikalastuksen harrastajille. Täältä löytyy - harjus, lenok, taimen. Keskivälissä joki jakautuu moniin oksiin.
