Ufan historia juontaa juurensa viidennelle vuosisadalle. Oletettavasti keskiaikainen siirtokunta sijaitsi tuolloin nykyaikaisen Ufan alueella. Kultaisen Horden suurimpien kaupunkien joukossa neljästoista vuosisadan erinomainen arabialainen kirjailija Ibn Khaldun, nimeltään Bashkortin kaupunki (Bashgird). Kun historialliset tutkijat tekevät vertailevan analyysin muinaisista kartoista ja nimityksistä, he ovat tulleet siihen johtopäätökseen, että juuri edellä mainitun vanhan kaupungin paikalla esitetään Ufan osastot.
Virallinen kaupungin asema
1500-luvulla nykyisen Ufan alueella sijaitsi Nogai Horden kuvernöörin Tura Khanin talvi-päämaja. Kun osa Bashkortostanista tuli Muscovy -valtakuntaan (1557), paikalliset asukkaat kääntyivät Ivan IV: n puoleen ehdottaakseen kaupungin rakentamista mailleen.
1500 -luvulla (1574) Sutoloka -joen, eli linnoituksen, läheisyyteen rakennettiin linnoitus, ja paikkaa alettiin kutsua Ufan kaupunginosaksi, ja Ufasta tuli sen keskus. Ufan vankila rakennettiin Ivan Nagyin johdolla. Myöhemmin pääkaupungista lähetetty Mihail Nagoy oli alueen ensimmäinen vaivakunta, hän johti Ufan virkailijamajaa (hänellä oli kaksisataa jousimiestä hänen alaisuudessaan).
Kaupungin muurien rakentamisen jälkeen linnoitus tunnettiin Kremlinä. Lisäsuojana sen ympärille rakennettiin aita kiinteistä tukkeista, jotka oli tiukasti vierekkäin, ja rakenteen kahdelle vastakkaiselle puolelle, pohjoiseen ja etelään, pystytettiin tammitorni.
Kahdeksastoista -luvulla talonpoikaissota vaikutti kaupunkiin, kansannousu tukahdutettiin. Sen jälkeen Ufa sulautui Kazanin maakuntaan, hieman myöhemmin - Orenburgin maakuntaan. 1800 -luvun alussa paikallisviranomaiset harjoittivat kaupunkisuunnittelua. Arkkitehti V. Geste piirsi suunnitelman kaupungin laajennetuista kaduista. Bolshaya Kazanskaya -katu tuotiin tulevaan Gostiny Dvoriin ja Verkhne-Torgovaya-aukiolle.
1900 -luku
Heinäkuussa 1922 Ufan maakunta lakkautettiin koko Venäjän keskushallinnon päätöksellä. Viime vuosisadan 20-30-luvulla kaupunki alkoi kehittyä nopeasti. Teollisuuden kokonaistuotanto on kasvanut 16 kertaa. Suuren isänmaallisen sodan aikana useita kymmeniä teollisuusyrityksiä evakuoitiin Ufaan. Täältä evakuoitiin myös useita tutkimuslaitoksia.
Sodan jälkeisen öljyntuotannon kasvun yhteydessä Ufaan rakennettiin suuria öljynjalostamoja, koneenrakennus ja kemianteollisuus kehittyivät aktiivisesti.