Moldovan joet muodostavat melko tiheän ja haarautuneen verkon. Kaikki maan joet kantavat vetensä Mustanmeren rannoille.
Turunchuk -joki
Turunchik on yksi Dniesterin aseista. Maantieteellisesti joki sijaitsee Moldovan ja Ukrainan alueella. Kanavan enimmäisleveys on kolmekymmentä metriä ja syvyys kuusi metriä.
Joki muodostettiin haarana vuosina 1780–1785. Haara alkaa lähellä Chobruchin kylää (146 km Dniesteristä). Turunchik palaa "vanhempien" Dniesteriin lähellä Belyaevkan kaupunkia (20 km virtauksesta).
Turunchuk on yksi kalastajien kilpailupaikoista.
Prut -joki
Joenpohja kulkee kolmen valtion - Ukrainan, Moldovan ja Romanian - alueen läpi. Se on Tonavan vasen sivujoki, jonka kokonaispituus on 953 kilometriä. Joen lähde on Itä-Karpaatit (Ivano-Frankivsk alue).
Prut on maan toiseksi pisin joki. Yläjuoksullaan Prut on tyypillinen vuorijoki, ja vasta Moldovan alueelle tullessaan Prut rauhoittuu ja muuttuu klassiseksi tasaiseksi joeksi, jossa on leveä laakso ja matalat rannat. Prutin joenpohja on melko mutkainen ja hajoaa silloin tällöin hihoiksi. Joen tulvan alaosa on hyvin soinen.
Reut -joki
Reut on yksi Moldovan jokista, joka on Dniesterin oikea sivujoki. Virran kokonaispituus on 286 kilometriä. Joen lähde sijaitsee lähellä Red-Maren kylää (Dondyushanin alue). Aluksi virta on kaakkoon, kahden suunnanmuutoksen jälkeen Reut virtaa Dnestrin (Ustyen kylä) vesille.
Floreshtamin ja Kazaneshtamin alueella joenpohja kulkee kalkkikiviin muodostuneiden kapeiden ja syvien rotkojen läpi. Joen vedet ovat erittäin saastuneita, joten niitä käytetään vain kasteluun.
Alcalia -joki
Pieni joki - vain 67 kilometriä - kulkee Ukrainan ja Moldovan alueen läpi. Yhdistymispaikka on Burnas -järvi. Jokilaaksoa leikkaa voimakkaasti laaksot ja luonnolliset rotot. Kanava, jopa kahdeksan metriä leveä, on kohtalaisen käämitys. Joen vesiä käytetään kasteluun.
Joen lähde on yksi Moldovan lampista. Kanava kulkee maantieteellisesti kahden piirin - Tatarbunarsky ja Belgorod -Dnestrovsky (Odessan alue) - alueen läpi.
Hajider -joki
Hajider kuuluu alueellisesti kahteen valtioon - Ukrainaan ja Moldovaan. Kanavan kokonaispituus on 94 kilometriä. Joen lähde on Podolskin ylängöllä (lähellä Stefan Vodan kaupunkia). Sitten se kulkee kolmen piirin maan läpi: Belgorod-Dnestrovsky; Saratov; Tatarbunarsky.
Yhdistymispaikka on Hajider -järven vedet. Itse joki vastaanottaa viisikymmentäseitsemän pienen joen vedet. Ja suurin kaikista on Kaplan, joka muodostaa pienen säiliön Hajiderin yhtymäkohdassa.
