Perinteisesti Nepalin joet voidaan jakaa kolmeen luokkaan (ruoan tyypistä riippuen). Ensimmäiset ovat joet, joita ruokkii jäätiköiden sulaminen. Toiset ovat Mahabharatin harjanteelta peräisin olevat joet. Toiset ovat erilaisia puroja ja jokia, joiden lähde on Sivalikin harjalla.
Bagmati -joki
Bagmati kulkee Keski -Nepalin ja Intian Biharin osavaltion halki. Joen lähde on vuorilla ja muodostuu useiden nimettömien purojen yhtymäkohdasta (noin 15 kilometrin päässä Kathmandusta).
Bagmatin vedet ovat pyhiä sekä hindulaisuudessa että buddhalaisuudessa. Joen rannalla on monia hindutempeleitä.
Barun -joki
Barun kulkee Keski -Nepalin itäisten alueiden läpi ja on Arun -joen oikea sivujoki.
Joen lähde on Makunun vuorella sijaitsevat Berunin jäätiköt. Virtauksen pääsuunta on itä ja kaakko. Joki on osa Kosi -jokijärjestelmää, johon kuuluu sellaisia suuria jokia kuin: Arun; Tamur; Sun-Kosi; Indravati; Dudh Kosi; Bhola Kosi.
Gandak -joki
Joki virtaa Nepalin ja Intian alueen läpi. Gandak on yksi neljästä suurimmasta Nepalin joesta. Joen lähde on Himalajalla, kahden joen yhtymäkohdassa: Muztang Khola; Kyugoma Khola. Yläjuoksulla joki on nimeltään Kali-Gandak. Gandakin yhtymäkohta on Ganges -joen vesi. Joenlaakso oli Intian ja Tiibetin yhdistävä kauppareitti.
Gandak -joen laakso on myös mielenkiintoinen, koska se jakaa suuren Himalajan alueen kahteen osaan, jotka kulkevat kahden huipun - Annapuran ja Daulagirin - välillä.
Ghaghra -joki
Ghaghra kulkee kolmen valtion - Nepalin, Kiinan ja Intian - maiden läpi. Virran kokonaispituus on 950 kilometriä ja tämä on syvin vesivirta, joka ruokkii suurta Gangesta.
Joen lähde sijaitsee Tiibetin tasangon alueella (eteläosa, Manasarovar -järven alue). Ghaghra on Nepalin pisin ja suurin joki. Päätyyppi jokien ruokintaan: yläjuoksulla on jäätiköiden vesi ja sulanut lumi; alajuoksut syötetään doji -aikana. Erityisesti joki on täynnä keväällä ja kesällä. Tähän aikaan vuodesta Ghaghrassa on mahdollisia vakavia tulvia. Joen vesiä käytetään pääasiassa kasteluun.
Dudh-Kosi-joki
Yksi Nepalin jokista, joka on yksi korkeimmista vuorijokeista paitsi maassa, myös koko maailmassa. Joen lähde on Gokyo -järvi. Sitten virta laskeutuu Namche-Bazar-kanavaan, jossa Dudh-Kosin vedet sulautuvat toiseen jokeen-Bhote-Kosi.
Joki on täydellinen koskenlaskuun, mutta on pidettävä mielessä, että tämä reitti ei sovellu aloittelijoille.
Rapti -joki
Rapti on joki Nepalissa ja Intiassa, ja sen kokonaispituus on 600 kilometriä. Joen lähde on Sivalik -vuorten alueella.
